Sejarah Al-Huda Islamic School dimulai dari berdirinya Yayasan Al-Huda Madania, Senin 29 Januari 1996. Yayasan ini didirikan untuk menyelenggarakan pendidikan berdasarkan nilai-nilai agama Islam dan ilmu pengetahuan umum yang komprehensif. Para pendiri yayasan tergerak membantu masyarakat mendapatkan pendidikan berkualitas, didukung sarana pendidikan yang lengkap namun berbiaya memadai.
Dalam Akta Notaris pendirian yayasan disebutkan bahwa, “Tujuan dasar pendirian yayasan ini adalah untuk mengembangkan ajaran dan syiar Islam serta membantu pemerintah memajukan bidang pendidikan. Yayasan mengupayakan terselenggaranya pembinaan mental dan spiritual masyarakat dalam rangka mencerdaskan kehidupan bangsa. Selain itu yayasan juga berupaya memajukan usaha kesejahteraan masyarakat melalui program pemberdayaan sosial.”
Sejak didirikan secara resmi Yayasan Al-Huda aktif melaksanakan kegiatan pendidikan dan pengajaran. Hingga pada tanggal 3 September 2012 Yayasan Al-Huda mendapatkan surat izin operasinal Walikota Bekasi. Sejak saat itu Yayasan Al-Huda secara resmi diperkenankan menyelenggarakan pendidikan formal melalui lembaga pendidikan bernama Al-Huda Islamic School.
Tidak perlu waktu lama, Al-Huda Islamic School tumbuh menjadi lembaga pendidikan sekolah dasar Islam terpadu yang dipercaya masyarakat. Saat ini selain menyelenggarakan kegiatan pendidikan sekolah dasar, Al-Huda Islamic School juga menyelenggarakan pendidikan tahfidz Quran bagi anak usia sekolah dasar.